Fundado pelo então Presidente da província de Sergipe D`el Rey, Graccho Cardoso, o Colégio Atheneu Dom Pedro II,  iniciou as suas atividades em 1926 e ficou no prédio onde hoje funciona o Museu da Gente Sergipana até 1969, quando precisou mudar para um outro edifício. Depois dessa mudança, o Atheneuzinho recebeu diversas instituições e órgãos públicos até ser totalmente desativado em 1996.  Em outubro de 2009, já sob a responsabilidade do Instituto Banese, foi iniciado o projeto de restauração do prédio que apesar do seu completo estado de abandono, teve as suas memórias e elementos caracterizadores da sua arquitetura totalmente recuperados.

A tarefa de realizar o projeto de restauração e adaptação para o novo uso museológico do Atheneuzinho ficou sob a responsabilidade de uma equipe multidisciplinar composta por historiadores, designers, engenheiros, pesquisadores, artistas e, claro, arquitetos. Seguindo à risca o projeto original do prédio, foi possível restaurar elementos arquitetônicos e as pinturas parietais escondidos embaixo de diversas camadas de tintas.
Foram acrescentadas também algumas obras no entorno do atual prédio do Museu da Gente Sergipana, como uma edificação para abrigar o Instituto Banese, órgão gestor do Museu, o Café da Gente, e um estacionamento com mais de cem vagas, numa área que interliga a tradicional Praça Camerino ao Rio Sergipe.

O resultado final de todo esse processo de resgate histórico e arquitetônico resultou num complexo cultural que une passado, presente e futuro através de uma composição harmônica entre o antigo restaurado e reintegrado ao cenário urbano do Centro Histórico de Aracaju e o novo, marcado pela inserção de modernas estruturas metálicas e vidro.
O Museu da Gente Sergipana foi o projeto vencedor do Prêmio "O melhor da arquitetura 2012" na categoria Restauro, promovido pela Editora Abril, através da Revista Arquitetura e Construção.